培育優秀佛教宗教師是提昇佛教的關鍵，更是決定佛教能否承啟佛法、教化人心的樞紐為此，「香光尼眾淨修苑」乃於西元1980年3月在臺灣嘉義縣竹崎鄉香光寺創辦，這是本院的前身。1981年「香光尼眾淨修苑」改稱「香光尼眾佛學院」，1984年定學制為三級十年制，分別為研究班四年、進修班三年、預修班三年，課程規劃漸趨完整。1987年學制修訂為二部（三藏部、專修部）五年制；2005年因應教育部開放「佛教研修學院」之籌設，學制改為四年制；也於2004年附設行者學園接引有心出家的女青年學佛。

1996年本院擴大招生，以內外佛教界比丘尼、沙彌尼為招生對象。截至目前為止，招收的學生包括馬來西亞、越南、新加坡、香港、印尼、緬甸、加拿大、美國等外籍僧青年。是一所重視解行並進，理論與實務兼備，融合佛教與現代教學方法的佛教學院。